Penanganan kista ovarium tergantung pada jenis kista, penyebabnya, ukuran, usia wanita, mulai dari menemukan kista melalui pemantauan hingga pembedahan.
Sebagian besar kista yang terjadi pada wanita usia subur adalah kista fungsional, yang akan sembuh secara alami dalam waktu 3 bulan, meskipun dapat menyebabkan komplikasi.
Jika kista tidak pecah atau menyebabkan perdarahan, perawatan bedah diperlukan.
Perawatan dapat terdiri dari pemberian obat yang mengecilkan kista, obat antiinflamasi nonsteroid, dan obat penghilang rasa sakit.
Ketika kista kambuh, pil KB diberikan untuk mencegah ovulasi dan pembentukan kista baru.
Jika dicurigai adanya kanker, laparoskopi sering dilakukan untuk mengangkat kista.
Pengangkatan kista dengan pembedahan melibatkan pengangkatan kista melalui sayatan dan pengambilan sampel untuk biopsi guna menyingkirkan kanker.